En el año 2001, la Universidad Nacional del Litoral (UNL) creó el Programa de Desarrollo de las Ciencias Médicas y a partir de 2002, la carrera de medicina comenzó a dictarse en Santa Fe de manera articulada con la Universidad Nacional de Rosario y el Ministerio de Salud de la Provincia de Santa Fe.
La necesidad de organizar e institucionalizar la complejidad de la carrera hizo que en el año 2006 se creara la Escuela de Ciencias Médicas (ECM) en el marco de la Universidad Nacional del Litoral y que, ese mismo año, se aprobara el Plan de Estudios de la carrera de Medicina.
A partir de 2007 se comenzó con el dictado de dicha carrera bajo la dependencia exclusiva de la UNL.
Esta trayectoria permitió un desarrollo disciplinar y profesional que llevó a que en 2010 naciera la Facultad de Ciencias Médicas (FCM) sobre la base de la ECM.
Desde ese momento, la Facultad de Ciencias Médicas se encuentra en un proceso de crecimiento a nivel institucional que se caracteriza por la diversificación de su oferta educativa, el desarrollo de acciones de cooperación académica y la formación de recursos humanos en docencia, investigación y extensión que pone de manifiesto la preocupación por la formación permanente y la capacitación de sus docentes en educación en las Ciencias de la Salud.
Resumen de la primera década de la Facultad: